本文最后更新于 2026年5月4日。
可以的，Let’s Encrypt 完全支持为多个域名申请并生成一张证书（这种技术被称为 SAN 证书，即 Subject Alternative Name）。
在 1Panel 中，你并不需要“同时设置两个证书”，而是需要更新现有的证书，让它同时包含 A 和 B 两个域名。
如何在 1Panel 中操作？
既然你关闭了 Cloudflare 的代理（灰色云朵），你需要让 1Panel 服务器上的 Nginx 能够同时证明它是 A.com 和 B.com 的合法持有者。
1. 修改证书申请信息
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登录 1Panel 面板，进入 网站 -> 证书。
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找到你原本为
B.com申请的那条记录，点击 编辑 或 重新申请。 -
在 域名 输入框中，将
A.com也填进去。- 注意：多个域名通常用英文逗号或换行分隔，确保两个域名都在列表里。
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选择验证方式（推荐使用 DNS 验证，如果你有阿里云的 API Key，可以实现全自动续签）。
2. 完成验证并获取新证书
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如果是 HTTP 验证： 确保两个域名都已解析到当前服务器。
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如果是 DNS 验证： 1Panel 会提示你在 A 域名的 DNS 解析（Cloudflare 侧）添加一条 TXT 记录。
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申请成功后，你会得到一张“双域名”证书。
3. 将新证书应用到网站
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进入 网站 列表，找到你的主站点。
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点击 设置 -> HTTPS。
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在“证书”下拉菜单中，选择你刚刚生成的那个包含两个域名的证书。
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点击 保存。
为什么这样做能解决问题？
当你使用**灰色云朵（直连）**模式时：
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用户访问
A.com，浏览器直接连接你的服务器。 -
服务器发送这张“双域名”证书给浏览器。
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浏览器检查证书，发现：“哦！这张证书里确实写了它支持
A.com，而且是 Let’s Encrypt 颁发的，没问题。” -
结果： 绿色的安全锁出现，且速度依然是阿里云直连的速度。
注意事项：
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不要在 1Panel 里建两个一样的网站：你只需要一个网站，并在“域名绑定”里把两个域名都绑上，然后挂载这张双域名证书即可。
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强制 HTTPS：在 1Panel 开启“强制 HTTPS”后，无论用户访问 A 还是 B，都会走加密通道。
这样配置后，你的 A.com 既能享受阿里云的国内直连速度，又不会被浏览器拦截了。